在豆荚成熟之后，种植者可以在每个果实内找到几十颗种子，在这些种子的外面则附有一层胶状的白色物质。它们会被放进大大的塑料箱里或堆积起来进行发酵处理。在发酵之后，这些种子就会丧失发芽的能力，这时候的豆子就是巧克力味道最先的形态。大约过了一个星期之后，巧克力生产者对这些豆子进行干燥处理，之后再进入烘焙和最终加工阶段。
虽然这种制作方法已经流传了数个世纪，但科研小组认为它有点杂乱，因为巧克力最终的口味则是由豆子当中的酵母菌和细菌竞争之后的赢家决定。为此，团队希望能够找到一种可快速获取口味决定权的酵母菌株，这样的话，生产商就能非常容易地控制住巧克力的口味了。
结果表明，不同的酵母菌株能够带来明显不同的口味和香气。在试验过程中，团队采用的都是相同的配方和发酵工艺。该项研究参与者Jan Steensels称：“这意味着巧克力生产商第一次有了可以生产出不同种口味巧克力的酵母菌株广泛组合。这跟啤酒、红酒的酿造情况一样。”
